A organização dos directórios ou pastas de sistema, e mesmo as pastas de usuário é bastante diferente daquilo a que estamos habituados a ver em Windows.
Sim, pode ser diferente mas não é por isso que devemos ter medo de conhecêlas melhor... áparte da pasta /home onde estão as nossas pastas do(s) usuário(s), todas as outras pastas são pastas do sistema operativo e precisam de permissos de root (administrador ou superusuário)
/ (directório raiz) - Este é o mais alto nível dentro da hierarquia de directórios. A partir daqui está todo o resto da estrutura de pastas e outros dispositivos. É por isso que quando o sistema estiver a ser instalado, você selecciona a partição na qual você quer instalar, e é exatamente / o ponto de montagem, ou seja, o ponto onde vai ser instalado tudo, se bem que podemos instalar noutras partições as pastas /home e /usr por exemplo. A instalação pode ser personalizada ao gosto do usuário.
/ bin - Aqui estão os ficheiros executável ou binários do nosso Linux. Aqui temos vários programas executáveis do próprio sistema operativo, tais como comandos cp, mv, cat, chown, etc. Não é o único diretório que contém executáveis
/ boot - Aqui encontramos os arquivos necessários para iniciar o sistema, arquivos de configuração do Lilo ou Grub ou configuração até mesmo do kernel do sistema (por defeito no Debian usa-se o Grub)
/ dev - O Linux é baseado na simplicidadee no tratamento uniforme das informações. O Linux trata dispositivos como se fossem mais um arquivo para facilitar o fluxo de informações. Nesta pasta encomtram-se os vários sistemas de dispositivos, tais como USB, sda (ou hda) com números indicando as respectivas partições, e assim por diante.
/ etc - Aqui estão os arquivos de configuração dos programas instalados, e alguns scripts que são executados no arranque do sistema. Os valores destes ficheiros de configuração pode ser completada ou substituída pelos ficheiros de configuração que o usuário tenha sua "casa" (/home)
/ home - Esta pasta é apenas um diretório, o qual, por sua vez, contém outras, uma para cada um determinado usuário no sistema. Dentro desses diretórios é onde o usuário tem sua pasta pessoal, onde o usuário tem os seus ficheiros de configuração e arquivos pessoais, dos quais ele pode criar, modificar e remover a seu critério
/ lib - Contém a biblioteca (também conhecidas como livrarias) do sistema, bem como módulos e controladores (drivers)
/ lost+found - É uma pasta que podemos encontrar em todas as partições. Se por qualquer motivo é fechado o sistema de uma maneira incorrecta (corte de energia, por exemplo) quando se reinicia podemos comprovar que é executado um programa chamado fsck (file system consistency check) para restaurar a integridade do sistema de ficheiros. Nesta pasta encontramos a informação que se "mal-guardou" devido á incidência
/ media - Este é o lugar onde as unidades estão montadas dispositivos removíveis como unidades de disquetes, memórias USB, leitores de CD / DVD, discos rigidos e as suas partições adicionais
/ mnt - Este é um diretório que é usado para montagem temporária de unidades
/ opt - Tem o objetivo de salvar pacotes adicionais de aplicações
/ proc - Informação para a virtualização do sistema de ficheiros Linux
/ root - Esta é a pasta /home do administrador. É a única pasta /home que não está incluída por defeito no diretório /proc
/ Sbin - Estes são os ficheiros executáveis de administração, tais como mount, umount, shutdown...
/ srv - Sistema de Informações sobre alguns serviços (FTP, HTTP ...)
/ sys - Informações sobre os dispositivos tal e como são vistos pelo kernel do Linux
/ tmp - Este é um diretório onde estão armazenados os arquivos temporários. Cada vez que você iniciar o sistema este diretório é limpo
/ usr - Este é o directório-pai de outros subdiretórios de importância:
/ usr / bin - Conjunto de executáveis da maioria das aplicações do nosso ambiente de trabalho, por exemplo: firefox
/ usr / include - arquivos de cabeçalho C e C + +.
/ usr / lib - Bibliotecas para C e C + +.
/ usr / local - Este é um outro nível, oferecendo uma hierarquia semelhante ao diretório / usr.
/ usr / sbin - Outro conjunto de comandos para o sistema administrativo.
/ usr / share - Arquivos compartilhados como arquivos de configuração, imagens, ícones, etc.
/ usr / src - Tem no seu interior o código fonte para o kernel do Linux
/ var - Ficheiros de sistema como o "buffer" (localização de memória num computador ou num instrumento digital reservada para o armazenamento temporário de informação digital) de impressão, logs (registros)...
/ var / cache - Aqui armazenam-se dados cacheados para as aplicações.
/ var / lib - Informação sobre o estado actual das aplicações, modificável pelas proprias aplicações.
/ var / lock - Ficheiros que se encarregam de que um recurso só seja usado por uma aplicação determinada que pediu a sua exclusividade, até que esta o liberte.
/ var / log - É um dos subdirectórios mais importante, já que aqui guardam- se todo tipo de logs do sistema.
/ var / mail - Os correos dos usuários.
/ var / opt - Dados usados pelos pacotes armazenados em /opt.
/ var / run - Informação sobre o sistema desde que se iniciou.
/ var / spool - Dados esperando a que sejan tratados por algum tipo de processo.
/ var / tmp - Outro ficheiro temporário
Fonte: esta página e ajuda da Wikipédia